A trajetória de Marcos Júnior no Fluminense chegou ao fim. Com contrato encerrando no dia 31 de dezembro deste ano, o atacante encaminhou a sua transferência para o Yokohama Marinos (JAP) e deixará o clube na próxima janela de transferência. O jogador irá sem custo para o futebol japonês devido ao término do contrato.
A saída do atleta era uma das poucas certezas no fim de temporada do Fluminense. O jogador manifestou por diversas vezes que as conversas sobre uma possível renovação não estavam caminhando e o clube optou por não mantê-lo para 2019. O Tricolor ofereceu um ano de contrato e reajuste salarial, o que não agradou ao atacante.
Marcos Júnior também já deixava explícito o seu descontentamento com Pedro Abad. O atacante desabafou na saída do gramado após a vitória contra o América-MG e aconselhou o presidente a deixar o cargo "pelo bem do clube e da sua família".
- O Pedro Abad é um cara do bem, uma pessoa do bem. Mas acho que pelo bem da família dele e do clube, ele tem que sair. Não dá pra ficar aqui ano que vem - em entrevista à Rádio Tupi.
Marcos Júnior disputou 48 jogos nesta temporada e marcou nove gols, ficando atrás apenas de Pedro na artilharia. O atacante foi campeão brasileiro de 2012, campeão carioca de 2012 e da Primeira Liga de 2016, das Taças Guanabara de 2012 e 2017, e da Taça Rio de 2018 defendendo o clube.