A temporada de Joao Rojas no São Paulo parecia ter um caminho diferente. Com boas atuações na campanha do título estadual, o jogador, que tinha o contrato se encerrando em maio, renovou com o Tricolor até o final do ano, mas perdeu espaço.
Depois do titulo paulista, Rojas entrou em campo mais 17 vezes, mas vem perdendo espaço ao longo dos jogos. A última partida dele foi há um mês, quando o São Paulo empatou sem gols diante do Cuiabá. Essa inclusive, foi a última partida do Tricolor sendo comandado por Hernán Crespo, demitido na sequência.
Com a chegada de Rogério Ceni, Rojas ainda não foi aproveitado. O treinador já comandou o São Paulo em seis partidas e somente em duas o equatoriano foi opção no banco de reservas: no empate contra o Ceará, que marcou a estreia de Ceni e na derrota para o Red Bull Bragantino. Em ambas, ele não entrou em campo.
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Sendo assim, o camisa sete ficou fora dos jogos contra Corinthians, Internacional, Bahia e Fortaleza, todos por opção técnica. Luciano, Rigoni, Calleri, Marquinhos e Vitor Bueno vem sendo utilizados pelo treinador.
Com contrato até o final dessa temporada, Rojas não deve permanecer no clube. Ainda não há conversas para sua renovação. Em 2021, ele disputou 30 jogos, com quatro gols marcados e uma assistência.