A temporada 2020 de Fernando Miguel ficou marcada pelo ponto mais alto da carreira do goleiro, quando ele foi decisivo na disputa de pênaltis contra o Goiás, pela Copa do Brasil. Porém, já no final do ano esportivo, já em 2021, ele deixou o Vasco, emprestado ao Atlético-GO, logo após o rebaixamento do Cruz-Maltino no Campeonato Brasileiro. Na época, ele escreveu um texto carinhoso ao clube e à torcida. Agora, ele explica a razão da saída.
- A parte do desgaste pesou. Alguns atletas ficam mais expostos. Não reclamo disso porque faz parte do futebol brasileiro. Quem se expõe mais é responsabilizado por uma série de coisas que não passam pela gente. Tentei sempre fazer o melhor para o clube e não me arrependo de ter feito esse papel - afirmou o goleiro à Espn. E completou:
- Nunca me omiti durante a carreira. Isso gerou um desgaste por causa do rebaixamento, e ficou bastante difícil para mim e para o clube - lamentou.
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Fernando Miguel passou três temporadas no Vasco. Em 2018, contratado para ser reserva de Martin Silva, assumiu a titularidade na reta final do Brasileirão e prosseguiu como camisa 1 ao longo do tempo. Ele tem contrato até o fim de 2022 com o Cruz-Maltino, mas um retorno é extremamente improvável.