O desafio de se consolidar ditará a sequência de Marcos Junior assim que o Vasco retornar às suas atividades. Cerca de um ano depois de ter desembarcado na Colina com a missão de dar mais qualidade ao meio cruz-maltino, o volante ainda esbarra em oscilações e padece para convencer a torcida.
O jogador de 24 anos chamou atenção da diretoria vascaína na partida contra o Bangu, em 23 de março de 2019. Então jogador banguense, Marcos Junior aproveitou contra-ataque puxado por Robinho e, com uma batida rasteira na meia-lua, decretou a vitória por 2 a 1, de virada, sobre a equipe comandada por Alberto Valentim. Posteriormente, o volante foi contratado pelo Cruz-Maltino e apresentado em São Januário.
Sua estreia com a camisa do Vasco aconteceu apenas no quinto jogo no qual foi relacionado: contra o Fortaleza, no Castelão, em 26 de maio, pelo Brasileirão. Logo após ter saído de campo, a equipe cedeu o empate em 1 a 1.
Sob o comando de Vanderlei Luxemburgo, ele atuou como terceiro homem de meio de campo, alternando entre o combate, a distribuição de jogadas e até arriscando finalizações. Foi assim que balançou a rede pela primeira vez com a camisa cruz-maltina, na vitória por 1 a 0 sobre o Goiás, no Serra Dourada.
Neste período, chegou a engrenar uma sequência de sete jogos como titular. Entretanto, os altos e baixos começaram a mudar sua condição. Passadas duas partidas instáveis, voltou a corresponder em grande estilo diante do Atlético-MG: lançado no segundo tempo, marcou um gol na virada por 2 a 1.
No período no qual a concorrência ficou acirrada com a chegada de Fredy Guarín, Marcos Junior ainda teve poucas atuações de encher os olhos. Foi o caso do clássico diante do Flamengo, no qual mostrou oportunismo ao marcar um dos gols vascaínos no empate em 4 a 4 no Maracanã.
Contudo, passados 27 jogos (18 deles como titular) e as três vezes nas quais balançou a rede em 2019, a sensação foi de que o volante precisaria mostrar mais para a torcida cruz-maltina.
A chegada de Abel Braga e a indefinição inicial em torno do futuro de Guarín no clube deram a Marcos Junior a oportunidade de se fortalecer de uma vez como titular. Entretanto, o volante teve desempenho abaixo do esperado, em especial em virtude da má fase do Cruz-Maltino.
Das oito partidas nas quais atuou como titular, Marcos Junior foi sacado em sete e teve desempenho acima da média só no empate em 1 a 1 com o Altos-PI, ao mostrar bom poder de criação. Mas foi em noite na qual o ataque se mostrou instável.
Agora sob o comando de Ramon Menezes, o volante terá de suar para se reinventar. Marcos Junior encarará uma acirrada concorrência no seu setor, uma vez que Andrey voltou a mostrar serviço e Juninho vem em ascensão. A precisão será crucial para que o jogador de 24 anos prove que pode fazer a diferença com a camisa do Vasco.